上海市知识产权检察办案团队以“专业化办案、专业化研究、标杆性培养、开放性管理”为指导原则，充分发挥检察一体优势，建立一支专业化核心办案队伍，推进知识产权刑事检察领域的重大案件公正高效办理和疑难问题前沿精深研究，促进和带动全市检察机关知识产权刑事案件办案队伍整体素质的全面提高，充分发挥知识产权检察职能作用，更好地服务保障上海自贸区、科创中心建设。
团队由上海市人民检察院集中统一领导，由市院第四检察部对口日常指导，重点在优先安排参与办理专业领域重大案件，立足已有知识产权检察官联席会议制度，会诊研讨疑难复杂和新类型案件，编写指导性案例，制定业务工作规则以及组建队伍和落实经费等方面提供保障。
       团队以“自主化”运作为日常工作的基本运作方式，除完成市院交办专项任务外，由团队自主管理日常工作，包括重点案件筛选、专题学习研讨、专业培训方法及工作成果形式等方面均由团队自主决定。团队成员综合考虑全市各区院办理知识产权案件情况、成员所任职务、从检时间、办理知识产权领域专业案件的经验、所获荣誉等，由10名来自全市三级检察院的检察官组成。